Papare Silas werd gearresteerd en door de Nederlanders afgevoerd naar Seroei. ( op het eiland Japen ) Daar ontmoette hij Dr. Sam Ratulangi die daar al naar toe verbannen was.

De Nederlanders lanceerden een poltiek van verdeel en heers en organiseerden de conferenties van Malino en Pangkalpinang geleid door Dr. H.J. van Mook. De conferenties werden bijgewoond door de leiders van Oost- Indonesië.

Overeenkomstig ( conferentie van Linggarjati) d.d 15 november 1946 werd Nederland bevolen van een "de facto" erkenning van de soevereine staat Indonesië  of deelstaten. De onderhandelingen stonden onder leiding van Sutan Syahir aan Indonesische kant, terwijl die aan Nederlandse zijde werden gevoerd door prof. Schermerhorn. Het manuscript van de overeenkomst werd op 25 maart 1947 in Jakarta ondertekend. Indonesië verwierp ten stelligste het Nederlandse voorstel, omdat de onafhankelijkheid van Indonesië over de volle breedte van het grondgebied van Sabang tot Merauke ging.

De Nederlanders ontkennen de overeenkomst Linggarjati en lanceerden daarop op 21 juli 1947  de Tweede militaire agressie tegen de Republiek Indonesië.